Predicts proportion of each source in a mixture, based on values provided for covariates
Source:R/predict.cosimmr_output.R
predict.cosimmr_output.RdPredicts proportion of each source in a mixture, based on values provided for covariates
# S3 method for cosimmr_output
predict(object, x_pred, n_output = 3600, ...)Arguments
- object
An object of class
cosimmr_outputcreated via the functioncosimmr_ffvb- x_pred
A data.frame of covariate values that the user wishes to predict source proportions for, provided in the same order that the original covariance matrix was. Important for this to be a data.frame otherwise numeric values can be set as characters and this causes incorrect calculations.
- n_output
the number of posterior samples to generate. Defaults to 3600.
- ...
Other arguments (not used)
Value
object of class 'cosimmr_pred_out'
References
Andrew C. Parnell, Donald L. Phillips, Stuart Bearhop, Brice X. Semmens, Eric J. Ward, Jonathan W. Moore, Andrew L. Jackson, Jonathan Grey, David J. Kelly, and Richard Inger. Bayesian stable isotope mixing models. Environmetrics, 24(6):387–399, 2013.
See also
cosimmr_load for creating objects suitable for this
function, and
plot.cosimmr_output for plotting output.
Examples
# \donttest{
## See the package vignette for a detailed run through of these 4 examples
# Data set 1: 10 obs on 2 isos, 4 sources, with tefs and concdep
data(geese_data_day1)
cov_1 = c(1,2,3,2,3,1,1,1,2)
simmr_1 <- with(
geese_data_day1,
cosimmr_load(
formula = mixtures ~ cov_1,
source_names = source_names,
source_means = source_means,
source_sds = source_sds,
correction_means = correction_means,
correction_sds = correction_sds,
concentration_means = concentration_means
)
)
# Plot
plot(simmr_1)
# Print
simmr_1
#> $mixtures
#> d13C_Pl d15N_Pl
#> [1,] -11.36 10.22
#> [2,] -11.88 10.37
#> [3,] -10.60 10.44
#> [4,] -11.25 10.52
#> [5,] -11.66 10.19
#> [6,] -10.41 10.45
#> [7,] -10.88 9.91
#> [8,] -14.73 11.27
#> [9,] -11.52 9.34
#>
#> $x_scaled
#> (Intercept) cov_1
#> 1 1 -0.9333333
#> 2 1 0.2666667
#> 3 1 1.4666667
#> 4 1 0.2666667
#> 5 1 1.4666667
#> 6 1 -0.9333333
#> 7 1 -0.9333333
#> 8 1 -0.9333333
#> 9 1 0.2666667
#>
#> $source_names
#> [1] "Zostera" "Grass" "U.lactuca" "Enteromorpha"
#>
#> $source_means
#> meand13CPl meand15NPl
#> [1,] -11.17023 6.488984
#> [2,] -30.87984 4.432160
#> [3,] -11.17090 11.192613
#> [4,] -14.05701 9.816280
#>
#> $source_sds
#> SDd13C SDd15N
#> [1,] 1.2149562 1.459463
#> [2,] 0.6413182 2.268071
#> [3,] 1.9593306 1.112438
#> [4,] 1.1724677 0.827104
#>
#> $correction_means
#> meand13CPl meand15NPl
#> [1,] 1.63 3.54
#> [2,] 1.63 3.54
#> [3,] 1.63 3.54
#> [4,] 1.63 3.54
#>
#> $correction_sds
#> SDd13C SDd15N
#> [1,] 0.63 0.74
#> [2,] 0.63 0.74
#> [3,] 0.63 0.74
#> [4,] 0.63 0.74
#>
#> $concentration_means
#> d13CPl d15NPl
#> [1,] 0.3593 0.0297
#> [2,] 0.4026 0.0355
#> [3,] 0.2098 0.0192
#> [4,] 0.1844 0.0139
#>
#> $n_obs
#> [1] 9
#>
#> $n_tracers
#> [1] 2
#>
#> $n_sources
#> [1] 4
#>
#> $scale_x
#> [1] TRUE
#>
#> $scaled_center
#> [1] 1.777778
#>
#> $scaled_scale
#> [1] 0.8333333
#>
#> $intercept
#> [1] TRUE
#>
#> $covariates_df
#> cov_1
#> 1 1
#> 2 2
#> 3 3
#> 4 2
#> 5 3
#> 6 1
#> 7 1
#> 8 1
#> 9 2
#>
#> $n_covariates
#> [1] 2
#>
#> $original_x
#> (Intercept) cov_1
#> 1 1 1
#> 2 1 2
#> 3 1 3
#> 4 1 2
#> 5 1 3
#> 6 1 1
#> 7 1 1
#> 8 1 1
#> 9 1 2
#> attr(,"assign")
#> [1] 0 1
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "cosimmr_input"
# FFVB run
simmr_1_out <- cosimmr_ffvb(simmr_1)
#> Iteration : 0
#> Iteration : 1
#> Iteration : 2
#> Iteration : 3
#> Iteration : 4
#> Iteration : 5
#> Iteration : 6
#> Iteration : 7
#> Iteration : 8
#> Iteration : 9
#> Iteration : 10
#> Iteration : 11
#> Iteration : 12
#> Iteration : 13
#> Iteration : 14
#> Iteration : 15
#> Iteration : 16
#> Iteration : 17
#> Iteration : 18
#> Iteration : 19
#> Iteration : 20
#> Iteration : 21
#> Iteration : 22
#> Iteration : 23
#> Iteration : 24
#> Iteration : 25
#> Iteration : 26
#> Iteration : 27
#> Iteration : 28
#> Iteration : 29
#> Iteration : 30
#> Iteration : 31
#> Iteration : 32
#> Iteration : 33
#> Iteration : 34
#> Iteration : 35
#> Iteration : 36
#> Iteration : 37
#> Iteration : 38
#> Iteration : 39
#> Iteration : 40
#> Iteration : 41
#> Iteration : 42
#> Iteration : 43
#> Iteration : 44
#> Iteration : 45
#> Iteration : 46
#> Iteration : 47
#> Iteration : 48
#> Iteration : 49
#> Iteration : 50
#> Iteration : 51
#> Iteration : 52
#> Iteration : 53
#> Iteration : 54
#> Iteration : 55
#> Iteration : 56
#> Iteration : 57
#> Iteration : 58
#> Iteration : 59
#> Iteration : 60
#> Iteration : 61
#> Iteration : 62
#> Iteration : 63
#> Iteration : 64
#> Iteration : 65
#> Iteration : 66
#> Iteration : 67
#> Iteration : 68
#> Iteration : 69
#> Iteration : 70
#> Iteration : 71
#> Iteration : 72
#> Iteration : 73
#> Iteration : 74
#> Iteration : 75
#> Iteration : 76
#> Iteration : 77
#> Iteration : 78
#> Iteration : 79
#> Iteration : 80
#> Iteration : 81
#> Iteration : 82
#> Iteration : 83
#> Iteration : 84
#> Iteration : 85
#> Iteration : 86
#> Iteration : 87
#> Iteration : 88
#> Iteration : 89
#> Iteration : 90
#> Iteration : 91
#> Iteration : 92
#> Iteration : 93
#> Iteration : 94
#> Iteration : 95
#> Iteration : 96
#> Iteration : 97
#> Iteration : 98
#> Iteration : 99
#> Iteration : 100
#> Iteration : 101
#> Iteration : 102
#> Iteration : 103
#> Iteration : 104
#> Iteration : 105
#> Iteration : 106
#> Iteration : 107
#> Iteration : 108
#> Iteration : 109
#> Iteration : 110
#> Iteration : 111
#> Iteration : 112
#> Iteration : 113
#> Iteration : 114
#> Iteration : 115
#> Iteration : 116
#> Iteration : 117
#> Iteration : 118
#> Iteration : 119
#> Iteration : 120
#> Iteration : 121
#> Iteration : 122
#> Iteration : 123
#> Iteration : 124
#> Iteration : 125
#> Iteration : 126
#> Iteration : 127
#> Iteration : 128
#> Iteration : 129
#> Iteration : 130
#> Iteration : 131
#> Iteration : 132
#> Iteration : 133
#> Iteration : 134
#> Iteration : 135
#> Iteration : 136
#> Iteration : 137
#> Iteration : 138
#> Iteration : 139
#> Iteration : 140
#> Iteration : 141
#> Iteration : 142
#> Iteration : 143
#> Iteration : 144
#> Iteration : 145
#> Iteration : 146
#> Iteration : 147
#> Iteration : 148
#> Iteration : 149
#> Iteration : 150
#> Iteration : 151
#> Iteration : 152
#> Iteration : 153
#> Iteration : 154
#> Iteration : 155
#> Iteration : 156
#> Iteration : 157
#> Iteration : 158
#> Iteration : 159
#> Iteration : 160
#> Iteration : 161
#> Iteration : 162
#> Iteration : 163
#> Iteration : 164
#> Iteration : 165
#> Iteration : 166
#> Iteration : 167
#> Iteration : 168
#> Iteration : 169
#> Iteration : 170
#> Iteration : 171
#> Iteration : 172
#> Iteration : 173
#> Iteration : 174
#> Iteration : 175
#> Iteration : 176
#> Iteration : 177
#> Iteration : 178
#> Iteration : 179
#> Iteration : 180
#> Iteration : 181
#> Iteration : 182
#> Iteration : 183
#> Iteration : 184
#> Iteration : 185
#> Iteration : 186
#> Iteration : 187
#> Iteration : 188
#> Iteration : 189
#> Iteration : 190
#> Iteration : 191
#> Iteration : 192
#> Iteration : 193
#> Iteration : 194
#> Iteration : 195
#> Iteration : 196
#> Iteration : 197
#> Iteration : 198
#> Iteration : 199
#> Iteration : 200
#> Iteration : 201
#> Iteration : 202
#> Iteration : 203
#> Iteration : 204
#> Iteration : 205
#> Iteration : 206
#> Iteration : 207
#> Iteration : 208
#> Iteration : 209
#> Iteration : 210
#> Iteration : 211
#> Iteration : 212
#> Iteration : 213
#> Iteration : 214
#> Iteration : 215
#> Iteration : 216
#> Iteration : 217
#> Iteration : 218
#> Iteration : 219
#> Iteration : 220
#> Iteration : 221
#> Iteration : 222
#> Iteration : 223
#> Iteration : 224
#> Iteration : 225
#> Iteration : 226
#> Iteration : 227
#> Iteration : 228
#> Iteration : 229
#> Iteration : 230
#> Iteration : 231
#> Iteration : 232
#> Iteration : 233
#> Iteration : 234
#> Iteration : 235
#> Iteration : 236
#> Iteration : 237
#> Iteration : 238
#> Iteration : 239
#> Iteration : 240
#> Iteration : 241
#> Iteration : 242
#> Iteration : 243
#> Iteration : 244
#> Iteration : 245
#> Iteration : 246
#> Iteration : 247
#> Iteration : 248
#> Iteration : 249
#> Iteration : 250
#> Iteration : 251
#> Iteration : 252
#> Iteration : 253
#> Iteration : 254
#> Iteration : 255
#> Iteration : 256
#> Iteration : 257
#> Iteration : 258
#> Iteration : 259
#> Iteration : 260
#> Iteration : 261
#> Iteration : 262
#> Iteration : 263
#> Iteration : 264
#> Iteration : 265
#> Iteration : 266
#> Iteration : 267
#> Iteration : 268
#> Iteration : 269
#> Iteration : 270
#> Iteration : 271
#> Iteration : 272
#> Iteration : 273
#> Iteration : 274
#> Iteration : 275
#> Iteration : 276
#> Iteration : 277
#> Iteration : 278
#> Iteration : 279
#> Iteration : 280
#> Iteration : 281
#> Iteration : 282
#> Iteration : 283
#> Iteration : 284
#> Iteration : 285
#> Iteration : 286
#> Iteration : 287
#> Iteration : 288
#> Iteration : 289
#> Iteration : 290
#> Iteration : 291
#> Iteration : 292
#> Iteration : 293
#> Iteration : 294
#> Iteration : 295
#> Iteration : 296
#> Iteration : 297
#> Iteration : 298
#> Iteration : 299
#> Iteration : 300
#> Iteration : 301
#> Iteration : 302
#> Iteration : 303
#> Iteration : 304
#> Iteration : 305
#> Iteration : 306
#> Iteration : 307
#> Iteration : 308
#> Iteration : 309
#> Iteration : 310
#> Iteration : 311
#> Iteration : 312
#> Iteration : 313
#> Iteration : 314
#> Iteration : 315
#> Iteration : 316
#> Iteration : 317
#> Iteration : 318
#> Iteration : 319
#> Iteration : 320
#> Iteration : 321
#> Iteration : 322
#> Iteration : 323
#> Iteration : 324
#> Iteration : 325
#> Iteration : 326
#> Iteration : 327
#> Iteration : 328
#> Iteration : 329
#> Iteration : 330
#> Iteration : 331
#> Iteration : 332
#> Iteration : 333
#> Iteration : 334
#> Iteration : 335
#> Iteration : 336
#> Iteration : 337
#> Iteration : 338
#> Iteration : 339
#> Iteration : 340
#> Iteration : 341
#> Iteration : 342
#> Iteration : 343
#> Iteration : 344
#> Iteration : 345
#> Iteration : 346
#> Iteration : 347
#> Iteration : 348
#> Iteration : 349
#> Iteration : 350
#> Iteration : 351
#> Iteration : 352
#> Iteration : 353
#> Iteration : 354
#> Iteration : 355
#> Iteration : 356
#> Iteration : 357
#> Iteration : 358
#> Iteration : 359
#> Iteration : 360
#> Iteration : 361
#> Iteration : 362
#> Iteration : 363
#> Iteration : 364
#> Iteration : 365
#> Iteration : 366
#> Iteration : 367
#> Iteration : 368
#> Iteration : 369
#> Iteration : 370
#> Iteration : 371
#> Iteration : 372
#> Iteration : 373
#> Iteration : 374
#> Iteration : 375
#> Iteration : 376
#> Iteration : 377
#> Iteration : 378
#> Iteration : 379
#> Iteration : 380
#> Iteration : 381
#> Iteration : 382
#> Iteration : 383
#> Iteration : 384
#> Iteration : 385
#> Iteration : 386
#> Iteration : 387
#> Iteration : 388
#> Iteration : 389
#> Iteration : 390
#> Iteration : 391
#> Iteration : 392
#> Iteration : 393
#> Iteration : 394
#> Iteration : 395
#> Iteration : 396
#> Iteration : 397
#> Iteration : 398
#> Iteration : 399
#> Iteration : 400
#> Iteration : 401
#> Iteration : 402
#> Iteration : 403
#> Iteration : 404
#> Iteration : 405
#> Iteration : 406
#> Iteration : 407
#> Iteration : 408
#> Iteration : 409
#> Iteration : 410
#> Iteration : 411
#> Iteration : 412
#> Iteration : 413
#> Iteration : 414
#> Iteration : 415
#> Iteration : 416
#> Iteration : 417
#> Iteration : 418
#> Iteration : 419
#> Iteration : 420
#> Iteration : 421
#> Iteration : 422
#> Iteration : 423
#> Iteration : 424
#> Iteration : 425
#> Iteration : 426
#> Iteration : 427
#> Iteration : 428
#> Iteration : 429
#> Iteration : 430
#> Iteration : 431
#> Iteration : 432
#> Iteration : 433
#> Iteration : 434
#> Iteration : 435
#> Iteration : 436
#> Iteration : 437
#> Iteration : 438
#> Iteration : 439
#> Iteration : 440
#> Iteration : 441
#> Iteration : 442
#> Iteration : 443
#> Iteration : 444
#> Iteration : 445
#> Iteration : 446
#> Iteration : 447
#> Iteration : 448
#> Iteration : 449
#> Iteration : 450
#> Iteration : 451
#> Iteration : 452
#> Iteration : 453
#> Iteration : 454
#> Iteration : 455
#> Iteration : 456
#> Iteration : 457
#> Iteration : 458
#> Iteration : 459
#> Iteration : 460
#> Iteration : 461
#> Iteration : 462
#> Iteration : 463
#> Iteration : 464
#> Iteration : 465
#> Iteration : 466
#> Iteration : 467
#> Iteration : 468
#> Iteration : 469
#> Iteration : 470
#> Iteration : 471
#> Iteration : 472
#> Iteration : 473
#> Iteration : 474
#> Iteration : 475
#> Iteration : 476
#> Iteration : 477
#> Iteration : 478
#> Iteration : 479
#> Iteration : 480
#> Iteration : 481
#> Iteration : 482
#> Iteration : 483
#> Iteration : 484
#> Iteration : 485
#> Iteration : 486
#> Iteration : 487
#> Iteration : 488
#> Iteration : 489
#> Iteration : 490
#> Iteration : 491
#> Iteration : 492
#> Iteration : 493
#> Iteration : 494
#> Iteration : 495
#> Iteration : 496
#> Iteration : 497
#> Iteration : 498
#> Iteration : 499
#> Iteration : 500
#> Iteration : 501
#> Iteration : 502
#> Iteration : 503
#> Iteration : 504
#> Iteration : 505
#> Iteration : 506
#> Iteration : 507
#> Iteration : 508
#> Iteration : 509
#> Iteration : 510
#> Iteration : 511
#> Iteration : 512
#> Iteration : 513
#> Iteration : 514
#> Iteration : 515
#> Iteration : 516
#> Iteration : 517
#> Iteration : 518
#> Iteration : 519
#> Iteration : 520
#> Iteration : 521
#> Iteration : 522
#> Iteration : 523
#> Iteration : 524
#> Iteration : 525
#> Iteration : 526
#> Iteration : 527
#> Iteration : 528
#> Iteration : 529
#> Iteration : 530
#> Iteration : 531
#> Iteration : 532
#> Iteration : 533
#> Iteration : 534
#> Iteration : 535
#> Iteration : 536
#> Iteration : 537
#> Iteration : 538
#> Iteration : 539
#> Iteration : 540
#> Iteration : 541
#> Iteration : 542
#> Iteration : 543
#> Iteration : 544
#> Iteration : 545
#> Iteration : 546
#> Iteration : 547
#> Iteration : 548
#> Iteration : 549
#> Iteration : 550
#> Iteration : 551
#> Iteration : 552
#> Iteration : 553
#> Iteration : 554
#> Iteration : 555
#> Iteration : 556
#> Iteration : 557
#> Iteration : 558
#> Iteration : 559
#> Iteration : 560
#> Iteration : 561
#> Iteration : 562
#> Iteration : 563
#> Iteration : 564
#> Iteration : 565
#> Iteration : 566
#> Iteration : 567
#> Iteration : 568
#> Iteration : 569
#> Iteration : 570
#> Iteration : 571
#> Iteration : 572
#> Iteration : 573
#> Iteration : 574
#> Iteration : 575
#> Iteration : 576
#> Iteration : 577
#> Iteration : 578
#> Iteration : 579
#> Iteration : 580
#> Iteration : 581
#> Iteration : 582
#> Iteration : 583
#> Iteration : 584
#> Iteration : 585
#> Iteration : 586
#> Iteration : 587
#> Iteration : 588
#> Iteration : 589
#> Iteration : 590
#> Iteration : 591
#> Iteration : 592
#> Iteration : 593
#> Iteration : 594
#> Iteration : 595
#> Iteration : 596
#> Iteration : 597
#> Iteration : 598
#> Iteration : 599
#> Iteration : 600
#> Iteration : 601
#> Iteration : 602
#> Iteration : 603
#> Iteration : 604
#> Iteration : 605
#> Iteration : 606
#> Iteration : 607
#> Iteration : 608
#> Iteration : 609
#> Iteration : 610
#> Iteration : 611
#> Iteration : 612
#> Iteration : 613
#> Iteration : 614
#> Iteration : 615
#> Iteration : 616
#> Iteration : 617
#> Iteration : 618
#> Iteration : 619
#> Iteration : 620
#> Iteration : 621
#> Iteration : 622
#> Iteration : 623
#> Iteration : 624
#> Iteration : 625
#> Iteration : 626
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# Print it
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#> .
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# Plot
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#> Please note: The data you wish to predict with falls outside the range of data used in the original model
# }